Doch mit den 1,4 Millionen Euro, die die Gestüte jährlich allein für den laufenden Betrieb aus der Landeskasse erhalten, wird entgegen den preußischen Traditionen der Anlage nach dem Prüfbericht des Rechnungshofes lax umgegangen. So sei "eine ordnungsgemäße kaufmännische Geschäftsführung nicht nachweisbar", heißt es in dem Bericht, der auch die nicht "ordnungsgemäße Vergabe von Aufträgen", die großzügige Nutzung von Dienstfahrzeugen sowie die mangelhafte Aufsicht und Kontrolle durch das zuständige Agrar- und Umweltministerium kritisiert.
Das als Stiftung funktionierende Gestüt (siehe "Zum Thema") hat nach Erkenntnissen der Rechnungsprüfer allerdings einen Geburtsfehler, der dem Land nun Ärger mit Brüssel einbringen könnte. Experten sehen darin eine "tickende Zeitbombe": Denn Brandenburg überweist dem Gestüt seit 2001 jährlich einen Betriebskostenzuschuss von mehr als einer Million Euro, 1,432 Millionen Euro waren es im Jahr 2004. Doch bislang, so der Prüfbericht, hat das Umweltministerium für eine "No tifizierung des Betriebskostenzuschusses nach dem EG-Beihilferecht" - es verbietet verdeckte Staatssubventionen - keine Notwendigkeit gesehen. Zwar argumentiert das Ministerium, dass der jährliche Millionen-Scheck für das Gestüt den "Charakter von Kostenerstattungen" hat. Doch der Landesrechnungshof hat daran offenkundig erhebliche Zweifel, zumal nach den Prüfungen "weder eine laufende noch eine nachträgliche Kontrolle der Mittel durch das Ministerium" erfolgte. So seien die "seitens der Stiftung vorgelegten Jahresendrechnungen "in der Regel nicht nachvollziehbar" gewesen.
Als die Rechnungsprüfer die Konten und Bücher des Gestüts unter die Lupe nahmen, deckten sie weitere Missstände auf. So hatte das öffentlich geförderte Gestüt ohne Wissen des Umweltministeriums im Jahresschnitt 2004 laut Prüfbericht 334 000 Euro auf einem Festgeldkonto - und hätte den Zuschuss somit gar nicht in der Höhe benötigt. Zwar erwirtschaftete das Gestüt damit 4253 Euro Zinsen für die eigene Tasche. Doch das Land Brandenburg, das im gleichen Jahr mehrere hundert Millionen Euro Kredite aufnahm, zahlte für den gleichen Beitrag 12 592 Euro Zinsen an Banken.
Der Rechnungshof sieht allein hier einen Schaden von 8339 Euro für die Landeskasse. Er kritisiert auch, dass ohne Vergleichsangebote mal besondere "VIP"-Gäste für 2000 Euro kostenlos bewirtet werden oder dass ohne korrekte Nachweise für 35 000 Euro ein Pferd ersteigert wurde.
Fazit des bislang internen Rechnungshofberichtes: "Es fehlt dem Gestüt an einer modernen, über klassische Gestütsaufgaben hinausweisende Konzeption."

Zum Thema Haupt- und Landgestüt
 Das 1788 von König Friedrich Wilhelm II. gegründete Haupt- und Landgestüt in Neustadt an der Dosse ist eine Art Wahrzeichen Brandenburgs . Es ist mit seiner weitläufigen 400 Hektar großen Anlage, zwei markanten denkmalgeschützten Gutshöfen, Koppeln und Alleen, eines der größten in Europa. Zu den wichtigsten Aufgaben der 14 Mitarbeiter gehört die Züchtung von Rassepferden . Zwar ist das keine klassische Landesaufgabe. Doch hatte die Landesregierung wegen der Bedeutung für das Land und die Havellandregion das Gestüt 2001 in eine gemeinnützige öffentlich-rechtliche Stiftung überführt, wodurch unter anderem Fördermittel der Europäischen Union in die Sanierung des maroden Denkmals fließen konnten.