2015 hatte der Landesrechnungshof dem Ministerium vorgeworfen, bei der Förderung von "Pro Agro" möglicherweise gegen Europarecht verstoßen zu haben: EU-Gelder dürfen nur für die Förderung konkreter Projekte verwandt werden. Im Fall von "Pro Agro" könnte es sich aber um eine institutionelle Förderung gehandelt haben, die nach EU-Recht nicht zulässig ist. "Wo es beihilfrechtlich möglich ist, werden wir diese Organisationen zunächst befristet institutionell fördern", erklärte Vogelsänger auf eine entsprechende Nachfrage des Grünen-Abgeordneten Benjamin Raschke im Potsdamer Landwirtschaftsausschuss. "Wir werden dann zum Haushalt 2017/2018 offiziell anmelden, dass wir eine dauerhafte institutionelle Förderung begehren."

Noch nicht entschieden ist die Frage, ob es wegen der "Pro-Agro"-Förderung ein Beihilfeverfahren gibt. Im Dezember war ein Brief mit Fragen der EU-Kommission beim Bundeslandwirtschaftsministerium eingegangen. Sie will wissen, "ob die betreffenden Maßnahmen aus staatlichen Mitteln finanziert wurden, welche Laufzeit und welchen Geltungsbereich die Regelung hat und auf welche Rechtsgrundlage sie sich stützt." Das Schreiben soll laut Vogelsänger nun beantwortet werden. Es dient zur Entscheidungsfindung, ob ein Prüfverfahren, in dessen Verlauf Gelder möglicherweise zurückgezahlt werden müssen, eingeleitet werden soll.