Das Landesamt für Umwelt und Geologie kündigte am 23. März erstmals an, dass aufgrund der Schmelze großer Schneemengen im Erzgebirge sowie in Böhmerwald und Riesengebirge ein stärkeres Frühjahrshochwasser als gewöhnlich an Sachsens Flüssen zu erwarten sei.

Frühwarnsysteme verbessert
Anders als im August 2002, als die Wassermassen nahezu über Nacht herbeiströmten und viele Menschen vollkommen unvorbereitet trafen, erging die erste Warnung - auch dank verbesserter Frühwarnsysteme und engerer Absprache mit den tschechischen Behörden - diesmal etwa vier Tage vor dem erwarteten Pegelanstieg.
Fünf Tage darauf, am 28. März, war das Hochwasser da. In Dresden wurde das Terrassenufer vor der malerischen Altstadtkulisse überflutet und die Pegel stiegen. Am 31. März schließlich riefen die Behörden Katastrophenalarm aus. Die Elbe in Schöna stand bei 7,77 Metern. Auch in Dresden und Torgau stieg der Fluss Tag für Tag.
Im elbnahen Dresden-Gohlis sowie in Pirna begannen Evakuierungen. Etwa 380 Dresdner wurden in Sicherheit gebracht, schon am Tag davor hatten 1000 Einwohner in Bad Schandau und in Wehlen Notunterkünfte beziehen müssen. Helfer türmten in Dresden die ersten 17 000 Sandsäcke zum Schutz vor dem Wasser auf. Die Feuerwehr war mit 150 Kräften im Einsatz. Die berühmte Elbbrücke „Blaues Wunder“ wurde für den Verkehr gesperrt. Auch in Rathmannsdorf, Königstein und dem Kurort Rathen wurde Katastrophenalarm ausgerufen. Alle Fähren zwischen Schöna und Torgau stellten den Dienst ein.
Am 1. April floss die Elbe in Dresden über einen Damm im Stadtteil Gohlis. Die ersten Häuser standen unter Wasser. In der Sächsischen Schweiz half die Bundeswehr bei der Hochwasserabwehr. Das Wasser breitete sich langsam auch in Teilen der Altstadt von Pirna aus. Auch in Meißen herrschte Katastrophenalarm.
Mittlerweile waren in Dresden knapp 830 Helfer im Einsatz und 100 000 Sandsäcke gefüllt. In Pirna und Meißen wurde vielen Haushalten aus Sicherheitsgründen der Strom abgestellt. Der Meißner Theaterplatz stand einen halben Meter unter Wasser. Am 3. April wurden im Kreis Riesa mehrere Ortschaften von den Fluten eingeschlossen. Allein in der Gemeinde Zeithain waren rund 1500 Bewohner betroffen. In Dresden erreichte der Fluss einen Stand von 7,48 Metern.

Scheitelpunkt am 4. April
Endlich, einen Tag später, war der Scheitelpunkt erreicht. Doch bangten die Elbanrainer nun um die Deiche, denn das Wasser blieb auf hohem Stand. An den 124 sächsischen Elbekilometern waren rund um die Uhr Deichläufer im Einsatz, um nach Sickerstellen und Aufweichungen zu suchen. Bundesverteidigungsminister Franz Josef Jung (CDU) machte sich bei Riesa ein Bild von der Lage.
Nach Tagen und Nächten des Hoffens gingen die Pegel schließlich langsam zurück. Am 7. April wurde der Katastrophenalarm in Dresden aufgehoben. Auch anderenorts entspannte sich die Lage, die Aufräumarbeiten begannen. Vielerorts hinterließ das Wasser wie 2002 ein Bild der Verwüstung. Doch im Vergleich zur Jahrhundertflut kamen die meisten im Frühjahr 2006 glimpflich davon.