Amann war im August 2012 als großer Hoffnungsträger nach Berlin gekommen, um das Milliardenprojekt als oberster Bauleiter aus der Krise zu führen. Später führte ein monatelanger Streit mit dem neuen Chef Hartmut Mehdorn dazu, dass dieser Amann im Oktober 2013 aus dem Projekt drängte. Mehdorn war ein halbes Jahr zuvor Vorsitzender der Geschäftsführung geworden, die bis dahin zuletzt nur noch aus Amann bestand.

Den einstigen Bahnchef störte vor allem, dass der frühere Chefplaner des größten deutschen Flughafens in Frankfurt viel Zeit beanspruchte, um Zehntausende Mängel im BER-Terminal zu erfassen, und währenddessen kaum bauen ließ. Amann hielt dagegen Mehdorns Pläne für übereilt und nicht durchdacht - etwa das inzwischen gescheiterte Vorhaben, noch vor der Eröffnung des gesamten Flughafens in einem Seitenflügel einen Testbetrieb zu starten. Beide beschwerten sich übereinander beim Aufsichtsrat, aus den Briefen zitierten bald auch Zeitungen.

Nachdem sich Mehdorn im Aufsichtsrat durchgesetzt hatte, übernahm Amann die Führung der Tochtergesellschaft Flughafen Energie und Wasser GmbH - als deren einziger Mitarbeiter. Der 61-jährige Manager steht noch bis Mitte 2017 beim Flughafen unter Vertrag und bekommt ein Jahresgehalt von rund 300 000 Euro.