Peres, der sein Amt Mitte Juli antrat, war bereits 2006 vom katholischen Kirchenoberhaupt in Privataudienz empfangen worden.
Seit dem Zweiten Vatikanischen Konzil (1962-1965) bemüht sich Rom um Versöhnung mit dem Judentum. Bereits seit 1962 wird in katholischen Kirchen auf die antijüdischen Wendungen in der Liturgie am Karfreitag verzichtet. Das Konzilsdokument "Nostra aetate" erkannte wenig später erstmals die Rolle anderer Religionen positiv an. Seit 1993 unterhalten Israel und der Heilige Stuhl diplomatische Beziehungen. Doch über Detailfragen des Grundlagenvertrages, der 1994 wirksam wurde, sind sich beide Seiten bis heute nicht einig. Strittig sind weiterhin Rechtsfragen hinsichtlich des Kirchenstatus'. Zu den umstrittenen Punkten gehört etwa die Besteuerung kirchlicher Liegenschaften im Heiligen Land. Nach einer Beratungspause von fünf Jahren traf sich eine Arbeitskommission erstmals wieder im Mai und verbuchte "Fortschritte". Für Dezember ist das nächste Treffen geplant.
Das Treffen der bilateralen Kommission fand kurz nach einer Verstimmung in den Beziehungen statt. Der Apostolische Nuntius in Israel hatte im April aus Protest gegen die Darstellung der Rolle der katholischen Kirche während des Dritten Reichs in der Gedenkstätte Jad Vaschem seine Teilnahme am Holocaust-Gedenktag in Jerusalem abgesagt. Entgegen seiner Ankündigung wohnte Erzbischof Antonio Franco dann doch der Gedenkfeier bei. Beide Episoden stehen beispielhaft für den Verlauf einer Annäherung mit Hindernissen.
Offene Kritik am Vatikan äußert die Regierung in Jerusalem bislang regelmäßig an mangelnder Verurteilung palästinensischer Attentate durch den Papst. Dies weist der Vatikan ebenso regelmäßig zurück und verurteilt im Gegenzug völkerrechtswidrige Aktionen des israelischen Militärs.