Als der deutsche Fußball Anfang des Jahrtausends durch eine Krise ging, wurde eine Doppelspitze mit Zwanziger und dem Mann des Profi-Fußballs, Gerhard Mayer-Vorfelder, installiert. Nach der WM 2006 im eigenen Land übernahm Zwanziger das Amt alleine. Mit seinen Themen Frauen-Fußball, Integration oder gesellschaftliche Verantwortung wurde er so etwas wie das gute Gewissen des deutschen Fußballs.

Die Amtsübergabe an Niersbach ging noch relativ geräuschlos über die Bühne. Die öffentlichen Angriffe unter anderem auf Uli Hoeneß in seiner Autobiografie und die erfolglose Überprüfung der Vergütungsregelung von Nachfolger Niersbach durch die Fifa-Ethikkommission ließen Zwanziger dann jedoch in die Isolation rutschen.