Während des Lokführer-Streiks im Jahr 2007 seien zwei E-Mails an die Lokomotivführer gelöscht worden, berichtete das Nachrichtenmagazin "Spiegel". Ein Bahnsprecher sagte auf Anfrage, dass das Versenden der E-Mails durch die GDL rechtswidrig gewesen sei. Unterdessen erneuerte der Chef der Gewerkschaft Transnet, Alexander Kirchner, seine Rücktrittsforderungen an Mehdorn. Bereits am Freitag kam heraus, dass die Bahn jahrelang E-Mails ihrer Mitarbeiter nach Kontakten zu Journalisten und Kritikern überprüfte. "In diesem Unternehmen sind Dinge gelaufen über Jahre hinweg, bei denen man die politische Verantwortung schon jetzt so eingrenzen kann, dass dort Herr Mehdorn die Konsequenzen ziehen sollte", sagte Bahn-Aufsichtsrat Kirchner dem Radiosender MDR Info. Mehdorn selbst erteilte den Forderungen nach seinem Rücktritt eine deutliche Absage. "Hierfür stehe ich nicht zur Verfügung", sagte der 67-Jährige am Freitagabend in Berlin. Die Überprüfungsmaßnahmen seien rechtlich zulässig gewesen. Der Chef der Gewerkschaft GDBA, Dieter Hommel, begründete Mehdorns Reaktion auf NDR Info damit, dass "er selbst und der Vorstand noch nicht das Unrechtsbewusstsein entwickelt hat, um auch wirklich die Verantwortung zu übernehmen für das, was in den vergangenen Jahren passiert ist". Allerdings sei jetzt nicht mehr wichtig, inwieweit Mehdorn selbst oder Mitglieder seines Vorstandes wussten, was passiert sei, beziehungsweise diese Dinge angewiesen hätten, sondern sie müssten "jetzt politische Verantwortung übernehmen". "Es darf nicht sein, dass die Personalie jetzt im Wahlkampf behandelt wird und damit der Bahn schadet", erklärte Hommel. Der Grünen-Fraktionsvorsitzende Fritz Kuhn, sagte, Bundeskanzlerin Angela Merkel (CDU) müsse dafür sorgen, "dass Mehdorn geht". Nach Informationen des "Spiegel" haben die Sonderermittler, die Wirtschaftsprüfungsgesellschaft KPMG sowie die ehemaligen Bundesminister Herta Däubler-Gmelin und Gerhard Baum, dem Aufsichtsrat mitgeteilt, dass zwei Streikinformationsschriften durch die Bahn gelöscht wurden. Die Bahn begründete das am Samstag mit einer technischen Panne, in deren Folge Mails nicht verschickt werden konnten. Bei einer Überprüfung der Inhalte habe man sich entschieden, diese Mails mit Streikaufruf nicht zu versenden. Schließlich habe die Gewerkschaft nicht das Recht, über das Hauspost-System zum Streik aufzurufen. Die GDL-Funktionäre hätten sich damals gewundert, dass ihre Mails nie ankamen, doch erst nach ersten Berichten über die Spitzelaffäre seien sie stutzig geworden, hieß es in dem Magazin weiter. Daraufhin stellten sie Mehdorn schriftlich zur Rede. Sie wollten wissen, ob es sein könne, dass die Bahn Fremdfirmen beauftragt habe, die Telefone von GDL-Funktionären zu überwachen. Der Korruptionsbeauftragte der Bahn, Wolfgang Schaupensteiner, antwortete dem Magazin zufolge, dass zu keinem Zeitpunkt "Funktionsträger der GDL ausgeforscht worden" seien. Von den Bespitzelungen innerhalb des Projekts "Leakage", bei dem täglich 145 000 E-Mails konzernintern gefiltert worden seien, waren nach "Spiegel"-Informationen auch Mitarbeiter von Bundestagsabgeordneten und Verkehrsexperten, die im Auftrag des Bundes arbeiteten, betroffen. Die Überwachungen seien erst im Oktober 2008 gestoppt worden, Monate nachdem die ersten Massendatenabgleiche bei der Bahn öffentlich geworden waren.